L’ospedale di San Lazzaro viene menzionato nel 1335 dal giudice Ugone II nel suo testamento, che prevede alcuni lasciti in favore della chiesa. Il complesso dei monaci ospitalieri lazzariti, il cui compito principale consiste nella cura e assistenza dei lebbrosi, sorge ai margini dell’abitato lungo la strada che porta da Oristano a Santa Giusta, e in tal modo permane sino al Seicento, periodo nel quale la chiesa viene affiliata all’Ospedale di Sant’Antonio.
Intorno alla metà dell’Ottocento la chiesa si trova ancora in buone condizioni, ma progressivamente permane in stato di abbandono tanto da venire richiesta da un commerciante per utilizzarla come deposito per la polvere da sparo. Non essendo più utilizzata per il culto viene sconsacrata e abbattuta nel 1912: dalle coperture ormai crollate e si ritiene di poterne ricavare del materiale da costruzione.
L’unica immagine che ritrae la chiesa di San Lazzaro proviene da una litografia del Cominotti - Marchesi del 1827, dove si intravede un prospetto dall’accentuato sviluppo verticale affiancato da un campanile a vela. Ma quest’opera non è sufficiente per  ricostruirne l’aspetto originario. Notizie documentarie riferiscono di una parziale ricostruzione dell’edificio ad opera dell’architetto Salvador Carta intorno al 1704, per volontà di un canonico della Cattedrale, questo dato pone forti dubbi sull’effettiva conservazione della chiesa romanica fino alla sua distruzione.
Intorno alla chiesa fuori le mura, si sviluppa ben presto il popoloso borgo di San Lazzaro, che mantiene tale toponimo sino alla seconda metà dell’Ottocento, quando perde tale connotazione in seguito all’espansione edilizia che lo collega alla città.
La chiesa si trovava all’attuale incrocio delle vie Cagliari e Costa, poco più avanti del luogo in cui oggi è presente una statua commemorativa della Vergine, opera dell’artista oristanese Alfio Musetti.