La chiesa di San Saturnino viene riedificata nel 1901 per volontà dei coniugi Boy-Carta, sul sito dell’antica struttura. Nel corso del tempo viene assiduamente attestata in virtù del quartiere interno alle mura cittadine che da essa prende il suo toponimo. Alcune carte catastali ne confermano una fase d’impianto altomedievale, che avrebbe determinato una pianta cruciforme, sul modello delle altre chiese sorte nel V-VI secolo nell’Isola.
Queste notizie vengono confermate dalle sporadiche ricognizioni archeologiche, operate fin dall’Ottocento nell’area adiacente la chiesa, grazie alle quali si conoscono le numerose sepolture riemerse nel tempo.
Intorno al 1744 la chiesa e i locali attigui vengono occupati dai Gesuiti, in una fondazione ad experimentum che non si concluse positivamente. Dopo la sua ricostruzione, la chiesa viene reintitolata alla Beata Vergine Immacolata, a cui è consacrato l’altar maggiore.
Dal 1951 Chiesa e Convento sono affidati alle cure delle Suore Francescane Missionarie del Giglio, che qui reggono un asilo infantile e un convitto.