La chiesa e il convento di San Giovanni Evangelista vengono edificati nella piazza de sa Majoria, ovvero l’antico luogo in cui si trovano contemporaneamente il palazzo giudicale, il castello con  l’annessa torre di San Filippo e alcuni uffici amministrativi del Giudicato d’Arborea. Secondo le ricostruzioni dell’assetto urbanistico della città rese possibili dai documenti dell’Archivio Storico Comunale, questi locali sono occupati nel Medioevo dalla cosiddetta curia de spendio, ovvero gli uffici preposti alle finanze giudicali.
Nel 1588 il nobile Gerolamo Torresani predispone una larga donazione allo scopo di istituire in questo luogo un ospizio dell’Osservanza. Tra il 1662 e il 1668, in seguito alle nuove donazioni dei notabili Antioco Serra e Chiara Putzolu, l’ospizio diventa finalmente un convento. Da questo momento in poi, grazie all’attivo interesse dei conventuali, si istituiscono varie attività scolastiche.
Dopo quasi due secoli, tali attività vengono interrotte col decreto di soppressione del 1832 e pochi anni più tardi chiesa e convento vengono ceduti ai Missionari di San Vincenzo de’ Paoli. Nella seconda metà dell’Ottocento, grazie alla diffusione dei Falsi d’Arborea, si diffonde la notizia che le carte arrivassero dall’archivio di questo convento ormai decaduto.
Nel Novecento nella rinnovata piazza Manno, il complesso diventa sede della Corte d’Assise e in seguito ospita le nuove classi del Regio Liceo Ginnasio. La sistemazione di queste classi impone la ristrutturazione dell’intero edificio, e per questo motivo si determina il totale occultamento della chiesa e la demolizione delle sue coperture voltate.
Quanto alle ipotesi sull’origine giudicale della stessa, si sottolinea il fatto che le fonti non la menzionano prima del XVI secolo. Esclusivamente sulla base delle evidenze formali e dall’analisi del prospetto della chiesa noto per alcune fotografie precedenti la demolizione, le aperture ritenute gotiche potrebbero essere senza difficoltà elementi tardo-gotici di un edificio del Cinquecento, analogamente a quanto accade al convento di San Domenico. Non si possiedono infatti ulteriori testimonianze che dimostrino l’antichità della chiesa e del suo convento.