La chiesa e Il convento dei padri Cappuccini vengono fondati ad Oristano nel 1608 per volontà dell’arcivescovo Antonio Canopolo. All’erezione dell’istituto concorre con ingenti somme di danaro il nobile oristanese Domenico Paderi, la cui famiglia continua il patrocinio ancora per un secolo a seguire: infatti grazie a nuove donazioni si realizzano il dormitorio e la biblioteca.
Il complesso conventuale sorge su un notevole rialzo del terreno appena fuori la cinta muraria medievale, risultata in seguito ad indagini sul campo, una delle poche aree prive di emergenze  archeologiche precedenti all’insediamento dei Cappuccini.
La chiesa in principio viene posta sotto la protezione della Vergine della Speranza, ma dal 1689 risulta consacrata alla Beata Vergine Immacolata o della Purissima Concezione. L’edificio ha conservato il suo aspetto seicentesco, così come le opere d’arte coeve. Tre cappelle si aprono sul lato destro dell’aula con copertura a botte su archi ribassati, terminante con un presbiterio voltato a crociera. Risulta modificato invece l’aspetto originario della facciata, trasformata in seguito a nuovi lavori nella prima metà del Novecento. Pressoché contemporaneo alla fondazione e verosimilmente facente parte della prima dotazione liturgica della chiesa risulta un calice del 1609.
Alla pia devozione di Don Gaspare Pira, cavaliere che si batté valorosamente nello scontro con le truppe francesi nei pressi del fiume Tirso il 26 febbraio 1637, si deve la commissione della grande tela con Famiglia Francescana, realizzata nel 1653.

La pala d’altare con la Beata Vergine Immacolata e i SS. Andrea, Bonaventura, Antonio di Padova e Francesco d’Assisi si attribuisce invece al genovese Giovanni Carlone.  Ugualmente ascrivibile al primo Seicento risulta  il tabernacolo in legno intagliato, realizzato come da tradizione da un frate del convento. Del 1668 l’ancona lignea con San Felice da Cantalice, anch’essa d’ambito ligure. Si conserva inoltre una tela dello stesso periodo col Santo Crocefisso e i SS. Nicola vescovo, Antonio di Padova e Francesco d’Assisi.
Per tutto il Seicento e il Settecento il convento educa ed istruisce alcuni dei più illustri prelati sardi e diventa un punto di riferimento dell’Ordine nell’Isola. Il convento viene soppresso dalle Leggi emanate dal Regno d’Italia nel 1866, ma subito dopo viene riscattato dal padre cappuccino Luigi Maria di Ghilarza.
Nel primo Novecento l’artista Parnicich dona al convento una modesta tela con L’apparizione del Sacro Cuore di Gesù a Santa Margherita di Alacoque. Novecentesche sono anche le decorazioni delle volte. Dal 1954 i Cappuccini accolgono il Seminario Serafico delle Missioni, sotto l’invocazione di Sant’Ignazio da Laconi, mentre dal 1972 la chiesa della Beata Vergine Immacolata è diventata parrocchia.